熒光顯微鏡在各領域中的應用都非常廣泛。熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等，其使用從行業看主要集中于三個大方面：一是生物科學用顯微鏡，二是工業用顯微鏡，三是醫療用顯微鏡。因此熒光顯微鏡行業的下游行業主要就是生物科學行業、工業以及醫療行業。
技術研發進展較快
2017年5月，北京大學宣布成功研制新一代微型化雙光子熒光顯微鏡。據悉，新一代微型化雙光子熒光顯微鏡重量僅2.2克，橫向分辨率可達到0.65微米，成像質量與商品化大型臺式雙光子熒光顯微鏡可相媲美。采用雙軸對稱高速微機電系統轉鏡掃描技術，成像幀頻已達40HZ（256*256像素），同時具備多區域隨機掃描和每秒1萬線的線掃描能力。
微型化雙光子熒光顯微成像改變了在自由活動動物中觀察細胞和亞細胞結構的方式，可用于在動物覓食、哺乳、跳臺、打斗、嬉戲、睡眠等自然行為條件下，或者在學習前、學習中和學習后，長時程觀察神經突觸、神經元、神經網絡、遠程連接的腦區等多尺度、多層次動態變化。
相關成果于2017年5月29日在線發表于自然雜志子刊Nature Methods和Protocol Exchange，已申請多項專利。
2008-2016年，中國熒光顯微鏡相關專利申請數量呈現波動上升的趨勢。2008年，中國熒光顯微鏡相關專利申請數量為59件；到2016年，我國熒光顯微鏡相關專利申請數量達到近年來的峰值，為170件，較2008年增長了188.1%。由此可見，我國熒光顯微鏡研發進展較快。
截至目前，從熒光顯微鏡相關專利申請者來看，專利申請量排名靠前的申請者為清華大學（26件）、西北農林科技大學（24件）、東南大學（22件）、武漢大學（19件）、浙江大學（18件）等?？梢?，高校的熒光顯微鏡研究探索無疑成為我國熒光顯微鏡領域一大主力軍。
市場規模不斷擴大
據測算，2011年，我國熒光顯微鏡行業市場規模為8.5億元，到2015年增長至26億元，年平均增長率達到了28.5%?？梢?，隨著國家對儀表儀器產業發展的重視，以及我國在熒光顯微鏡上技術的提升、品牌的逐漸建立，熒光顯微鏡行業市場規模不斷擴大。
